Прежде чем приступать к настройке узнайте адрес прокси сервера и порт через который он работает.
Имейте ввиду что в Internet Explorer не реализована работа через Socks прокси сервер. Хотя в настройках присутствует возможность настройки работы через Socks прокси сервер (кстати в FireFox такая же проблема). Решить данную проблему можно за счет использования программ SocksCap, FreeCap или им подобных.
1) Для начала запустите IE.
2) Далее необходимо в меню "Tools" открыть "Internet Options".

3) Необходимые нам настройки мы найдем на закладке "Connections". Открыв которую нажимаем "LAN Settings". В зависимости от типа соединения с Интернетом кнопка может иметь разные названия (например "DSL Settings").

4) Вам необходимо поставить напротив "Use A Proxy Server For This Connection." галочку в разделе "Proxy Server". После этого текстовые поля "Address" и "Port" будут доступны для ввода. Заполните адрес прокси сервера в соответствующем поле и порт прокси сервера.

5) Для сохранения настроек следует нажмать кнопку "Ok" и "Apply" в разделе "Internet Options".
Если вы хотите работать с внутренними ресурсами сети минуя прокси сервер напротив - "Не использовать прокси сервер для локальных адресов" вам необходимо поставить галочку.
Изменение насроек прокси сервера в Internet Explorer из командной строки
1) Нажимаем кнопку "Пуск", переходим в меню "Все программы", "Стандартные" и правой кнопкой мышки запускаем от Администратора "Командную строку".
2) Если включен контроль учетных записей (UAC) то на запрос отвечаем "Да"/"Yes".
3) Формат команды "netsh winhttp set proxy прокси:порт". Например вводим без кавычек:
"netsh winhttp set proxy 127.0.0.1:80" и нажимаем "Enter".
Узнать текущие настройки прокси можно следующей командой без кавычек:
"netsh winhttp show proxy" + "Enter"
см. так же:
Настройка прокси сервера в Opera
Проверка прокси онлайн прокси чекером.